Placa de mármore da Sala Daniel Encontre, Templo da Humanidade
De volta ao Rio de Janeiro, Miguel Lemos reformou a Sociedade Positivista e transformou-a em Apostolado. A Igreja Positivista do Brasil desenvolveu então intenso proselitismo religioso, visando divulgar suas ideias e seu programa político para modernizar a sociedade brasileira. Como Comte, Lemos acreditava no impacto da doutrina para converter o novo proletariado ao espírito cívico promovido pela Religião da Humanidade. Entre 1881 e 1889, a Igreja Positivista produziu nada menos que 71 publicações exigindo a secularização das instituições, a implantação da República e a abolição da escravidão, pautas primordiais dos Positivistas neste final de século. No século seguinte, a instituição viria ainda a influenciar longamente a República Velha pela ação de homens de estado adeptos ou simpatizantes da doutrina.
O Positivismo, na sua interpretação laica ou religiosa, teve propagação importante em vários outros países na virada do século passado: além de França e Inglaterra, ele se disseminou nos Estados Unidos, México, Chile, incorporando-se a aspirações políticas locais. No Brasil, ele ganhou excepcional longevidade, sendo praticado por seguidores religiosos até hoje.